La missió principal d'ANEI és promoure i donar suport a la preservació cultural dels pobles indígenes Arhuaco, Wiwa i Kogui dins la seva regió a través de la implementació de projectes ecosostenibles que enforteixin els processos d'organització del grup. També, recolzar la recuperació econòmica i social, així com els drets culturals de les persones que pertanyen a lorganització.

ANEI cerca millorar la qualitat de vida fent un ús sostenible dels recursos. També vol tenir un paper important en la recuperació de l'ordre i l'harmonia universal, en relació amb la visió cosmològica de la població local, que tenen un paper vital en el manteniment de l'equilibri a l'Univers.

ANEI també busca promoure una major cooperació i entesa entre la població indígena i no indígena dins de la seva àrea d'influència.

Tots aquests objectius s'han creat tenint com a context els problemes i reptes a què les diverses comunitats indígenes de Sierra Nevada es van enfrontar en el moment en què es va fundar l'organització.