La missió principal d’ANEI és promoure i recolzar la preservació cultural dels pobles indígenes Arhuaco, Wiwa y Kogui dins de la seva regió a través de la implementació de projectes eco-sostenibles que enforteixin els processos d’organització del grup. També, recolzar la recuperació económica i social, així com els drets culturals dels seus membres.

ANEI busca millorar la qualitat de vida dels seus membres fent un ús sostenible dels recursos. També vol exercir un paper important en la recuperació de l’ordre i l’harmonia universal, en relació a la visió cosmològica dels indígenes locals, que exerceixen un paper vital en el manteniment de l’equilibri en l’Univers.

ANEI també busca promoure una major cooperació i entesa entre la població indígena i no indígena dins de la seva àrea d’influència. Ja ha incorporat a molts i moltes camperols i camperoles (agricultors i agricultores d’ascendència espanyola) dins de l’associació.

Tots aquests objectius s’han creat tenint com a context els problemes i reptes als que les diverses comunitats indígenes de Sierra Nevada es van enfrontar en el moment en el qual es va fundar l’organització.