La misión principal de ANEI es promover y apoyar la preservación cultural de los pueblos indígenas Arhuaco, Wiwa y Kogui dentro de su región a través de la implementación de proyectos eco-sostenibles que fortalezcan los procesos de organización del grupo. También, apoyar la recuperación económica y social, así como los derechos culturales de las personas que pertenecen a la organización.

ANEI busca mejorar la calidad de vida haciendo un uso sostenible de los recursos. También quiere desempeñar un papel importante en la recuperación del orden y la armonía universal, en relación a la visión cosmológica de la población local, que desempeñan un papel vital en el mantenimiento del equilibrio en el Universo.

ANEI también busca promover una mayor cooperación y entendimiento entre la población indígena y no indígena dentro de su área de influencia. Ya ha incorporado a much@s campesin@s (agricultores y agriculturas de ascendencia española) dentro de la asociación.

Todos estos objetivos se han creado teniendo como contexto los problemas y retos a los que las diversas comunidades indígenas de Sierra Nevada se enfrentaron en el momento en el que se fundó la organización.